Etude phénotypique et moléculaire de la résistance aux antibiotiques des entérobactéries isolées à partir des fientes de la cigogne blanche (Ciconia ciconia) de la commune d’El Madher wilaya de Batna. Doctorat thesis,(2019) Université de Batna 2.
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Date
2019-05-19
Authors
BOUAZIZ Amira
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Publisher
Abstract
La dissémination de l’antibiorésistance chez les bactéries à Gram négatif, particulièrement chez les Enterobacteriaceae, représente un problème majeur de santé humaine et animale au niveau mondial. Les animaux sauvages dont les oiseaux migrateurs jouent un rôle important dans la propagation de l’antibiorésistance comme des réservoirs et des vecteurs potentiels. A ce titre nous nous sommes intéressés par l’étude phénotypique et moléculaire de la résistance aux céphalosporines de troisième génération (C3G) et/ou aux carbapénèmes des entérobactéries isolées à partir des fientes de la cigogne blanche (Ciconia ciconia) de la Commune d’El Madher de la wilaya de Batna. Dans ce travail, 43 échantillons ont été récoltés sur deux séries de prélèvements, la première au mois de Juin 2014 suivie de celle du mois de Mars 2015. Ces derniers ont fait l’objet d’un protocole de screening sélectif. L’identification des souches isolées a été réalisée par Api 20E puis confirmée par MALDI-TOF MS. La sensibilité aux antibiotiques a été déterminée par la méthode de diffusion en milieu gélosé et par E-test. Les mécanismes moléculaires de résistances aux β-lactamines ont été recherchés par PCR et séquençage. L’étude de la clonalité de certaines souches a été réalisée en déterminant les séquences types des souches en question par la méthode de Multi-locus sequence typing. Ce travail a permis l’isolement de 65 souches d’entérobactéries appartenant à quatre espèces différentes; E. coli avec un pourcentage de 85% suivie de Citrobacter freundii, Klebsiella pneumoniae et Enterobacter aerogenes avec des pourcentages de 9%, 3% et 3% respectivement. Le phénotype résultant de la production de β-lactamases à spectre étendu (BLSEs) est le prédominant avec un pourcentage élevé de 94% (55 souches), suivi par la production de carbapénèmases puis l’association phénotypique BLSEs/carbapénèmases avec des pourcentages de 4% (2 souches) et 2% (1 souche) respectivement. Le séquençage des produits d'amplification des gènes responsables de la résistance aux β-lactamines, chez les souches de E. coli, a montré une diversité des gènes où CTX-M-15 présente 44%, CTX-M-1 (11 %), CTX-M-139 (1 %), TEM-1 (37%), TEM-164 (1%), TEM-198 (1%), TEM-209 (1%) et OXA-48 (4%) ce qui explique le taux élevé de résistance aux β-lactamines. Dans la présente étude, nous avons détecté pour la première fois dans le monde des souches de E. coli ST38 productrices de carbapénèmases de type OXA-48 chez la cigogne blanche. En conclusion, nous soulignons un haut niveau de résistance aux β-lactamines allant des BLSE jusqu’aux carbapénémases chez des souches isolées de la cigogne blanche (Ciconia ciconia) de la Commune d’El Madher de la Wilaya de Batna. Nos résultats indiquent que les oiseaux migrateurs jouent un rôle important dans la dissémination des bactéries résistantes comme des potentiels réservoirs et vecteurs.